Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

RolingHash (Сделать реализацию Rabin's fingerprinting, пока простенько…

- - - - Выбрать данных из которых будут браться уникальные камеры и использовать для них kmer tools
        
        Использовать ecoli_sc, так как там относительно мало камаров
- - - - Он возвращается сущность, в которой храняться два числа по 64 бита, ну блин, неужели это прям особая оптимизация по сравнению с обычным точным камером?
      - .../common/stage/construction.cpp run, 146
        
        Длина, которая используется это k+1
        
        Далее используется в EstimatingCardinalityUpperBound
        .../common/utils/kmer_counting.hpp
        
        FillFromStream
        
        KmerSequenceProcessor
        Считаем хэш от всех возможных kмеров(ктстаи, у меня ощущуние, что тут опять под k нечто разное подразумеваюь) засовываем в hll -- а это, вроде как, та самая штука, которая птается понять количество различных чиселок
        
        Вопрос, как приводится hash в uint64_t. Скорее всего берется как сумма двух значений.
        
        FillCoverageHistogram
        ../common/utils/kmer_counting.hpp
        
        CovFilterWrap
        .../common/io/reads/coverage_filtering_read_wrepper.hpp
      - .../common/stage/construction.cpp typedef 177
      - .../projects/kmercounter kmer_estimating 95
      - .../projects/kmercounter read_filter 27
  - - - Интересно, чему равно обычно _n
      - Используется функция rol1, roln, видимо прокрутить хэш на 1 или на n.
    - - Можно ли как-то потихоньку добавлять только один символ
        
        Можно, есть hash_update, в которой передаешь значение хэша, значение уходящего символьного хэша и значение приходящего символьного хэша.