No organismo normal, células que fazem parte desse sistema, os linfócitos, assumem certo estado de vigilância e controlam o processo inflamatório. Na doença de Crohn, em virtude do comprometimento dessa função celular, que implica mediadores inflamatórios e imunidade adquirida, o processo inflamatório passa a ser intenso e ocasiona lesões no aparelho digestivo.