ที่เกิดขึ้นในปอดพบได้ทั้งในระดับหลอดลมส่วนต้น ไปจนถึงหลอดลม ขนาดเล็กกว่า 2 มิลลิเมตรหรือที่เราเรียกว่า small airway การทำลายเนื้อปอด (parenchymal destruction) เกิดเป็นถุงลมโป่ง (emphysema) ดงัรูปที่ 3 นอกจากนี้ยังมีการเปลี่ยนแปลงที่เส้นเลือด ในปอด แต่ละส่วนจะมีการเพิ่มจำนวนของ inflammatory cells มีการทำลายและซ่อมแซมแบบ เรื้อรัง ถ้าโรค COPD มีความรุนแรงมากจะยิ่งเห็นการเปลี่ยนแปลงนี้ชัดเจนขึ้น แม้จะหยุดสูบบุหรี่ แล้วก็ตาม คือ 1. Inflammatory cells ตัวสำคัญ คือ neutrophils, macrophages, CD8 T lymphocytes จะมีการหลั่งสาร inflammatory mediators เช่น chemotactic factors(LTB4, IL-8), proinflammatory cytokines (TNF-α, IL-1β, IL-6), Growth factors(TGF-β) ทำให ้inflammatory cells มาสะสมเพิ่มขึ้น ขยายการ อักเสบให้รุนแรงยิ่งขี้น และก่อให้เกิด systemic effects ดว้ย 2. Proteases ที่หลั่งจาก inflammatory cells และ epithelial cells เช่น neutrophil elastase, cathepsins, metrix metalloproteinases (MMP) ยังทำให้เกิด proteases and antiproteases imbalance มีการทำลายของ elastin และเกิด emphysema ในที่สุด 3. นอกจากนี้ยังมีเรื่อง oxidative stress เช่น มีการเพิ่มขึ้นของ hydrogen peroxide, superoxide anions มีการลดลงของ histone deacetylase activity (HDAC) ทำให้กระตุ้น inflammatory genes และลดคุณสมบัติต้านการอักเสบของ glucocorticosteroids
