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MICRO-REARRANGEMENTS ET CGH ARRAY (SYNDROMES (Définitions (anomalie dev…
MICRO-REARRANGEMENTS ET CGH ARRAY
DEFINITION
Micro-réarrangement génomiques :
équilibrés : translocations, inversions
déséquilibrés : délétions, duplications, amplifications
-> CNV (kilobases)
Réarrangement consécutif à cassure double brin :
NAHR
: recombinaison homologue non allélique liées au duplication segmentaire (remaniement récurrent)
NHEJ
: raccordement extrémités non homologues (remaniements non récurrents)
FoSTeS
: remaniements complexes non récurrents, déplacement de la fourche de réplication vers une fourche de réplication adjacente, brin retardé va s'ancrer à une autre fourche de réplication =>
chromothripsis
(réarrangement très complexe)
DUPLICATION
SEGMENTAIRE
5% du génome
mécanisme de NAHR
plus région homologue plus réarrangement va survenir de façon récurrente
délétion + pathogène que duplication
parfois une duplication peut être perte de fonction
avant : phénotype first
mtn : génotype first
SYNDROMES
Définitions
anomalie dev embryonnaire : 2%
Syndrome = ensemble de symptômes :
dysmorphie et malformations congénitales
déficience intellectuelle et trouble du comportement
-> microdélétions d'une taille de 1,5 à 3 Mb NON visibles sur caryotype standard
Syndrome des
gènes contigus
Délétion de plusieurs gènes entraine syndrome avec des signes particuliers
Chaque gène à l'intérieur d'une délétion peut donner un symptôme différent -> syndrome
Parfois un seul gène muté peut entraîner tout un syndrome
Examen clinique
Critères physiques mineurs
(dysmorphie faciale, anomalie des extrémités)
malformations associées
(cardiopathies, cérébrales etc)
dev psychomoteur
(retard des acquisitions, déficience intellectuelle)
phénotype comportemental
(comportement particulier, évaluation systématisée)
Outils diagnostiques
si phénotype évocateur -> FISH (ciblée et moins cher que CGH array)
si phénotype PAS spécifique -> CGH array
TECHNIQUES
Généralités :
caryotype : K en métaphase
quand on décompacte chromatine -> FISH et CGH
ChromEMT : en ME
FISH
régions petites tailles
colorant bleu = DAPI
on ne voit pas de bande comme le caryotype
sondes mises dans K artificiels de bactéries (150kb), on les fait proliférer, on les extrait puis les hybride avec lame
:red_flag: Met en évidence des réarrangements chromosomiques connus
:red_flag: Repérer une séquence spécifique par sonde complémentaire d'ADN marqué en fluorescence
:red_flag: Permet de savoir si duplication ectopique ou eutopique et si équilibré ou non (=/CGH)
-> permet de SITUER la duplication
CGH array
remaniements petites tailles
PAS ciblée
pan génomique
délétions ou duplications PAS récurrentes
ds 15% des cas on trouve une anomalie
ACPA (analyse chromosomique sur puce à ADN) = CGH array + SNP array
comparaison du nb de copies d'un gène ds ADN à tester / à ADN de référence
jusqu'à 1million de sonde/lame
:red_flag:On peut quantifier la taille du réarrangement
:red_flag:Rapide
:red_flag:Résolution élevée
:red_flag: Détecte par remaniements équilibrés
:red_flag: en première intention chez enfants (pas caryotype)
ADN patient : rouge
ADN témoin : vert
chaque spot est une sonde
spot vert = délétion
spot rouge = duplication
spot jaune : quantité égale entre patient et témoin
-1 = délétion
+0,58 = duplication
POLYMORPHISME DU NB DE COPIES
nombre de copies d'un même gène ou d'un segment chromosomique dans le génome est variable entre les individus de la même espèce
5% du génome
haplo-suffisant : on peut vivre avec une seule copie
haplo-insuffisant : perte de fonction
SYNDROMES
MICRODELETIONNELS
Syndrome de Di-Georges
délétion 22q11.2
En anté-natal :
malformation cardiaque (conotroncale), rénale
absence de thymus
autosomique dominante
-> faire une FISH chez deux parents
Syndrome de Williams
délétion 7q11.23
récurrent : 1,5 Mb
élastine
cardiopathie en sténose aortique supravalvulaire, sténose pulmonaire, hyperlacalcémie
TADs
Unité de régulations qui lient structure chromatinienne et régulation de l'expression des gènes
-> si pb = défaut de régulation