Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Сохранять additional contigs в бинарном виде (Найти, где additional…
Сохранять additional contigs в бинарном виде
Найти, где additional contigs сохраняются в fasta
РАзобраться где вообще происходит считывание библиотек и конвертация в бинарники
Судя по названию на стадии ReadConversion :))
../common/io/dataset_support/read_converter.cpp
Где используется single_binary_readers?
../common/io/dataset_support/read_converter.cpp
Видимо самое интересное место в ProcessSingleRead
../projects/spades/pair_info_count.cpp
Там есть пометка использовать binary или нет
if is_contig_lib то не использовать, это в
../projects/spades/pair_info_count.cpp
В dataset сохраняются ли и как следствия конвентируются ли контини??
../common/pipeline/config_struct.hpp
dataset ds
Где происходит сохранение в dataset??
../projects/spades/main.cpp
load_config(cfg_fns)
Туда напихали просто список аргументов
../common/pipeline/config_singl.hpp
create_instance
1 more item...
Место добавление PathExtendContigs
../projects/spades/second_phase_setup.cpp
В каких местах используются additional contigs??
io::EasyStream
../common/stages/construction.cpp 75
.additional_contigs
Что именно сохраняется в additional_contigs
Contig_output Satge
../projects/spades/contig_output_stage.cpp
Делается OutputEdgeSequences
Есть ли какая-та связь с PathExtendContigs??
Сделать вывод контигов в бинарном виде в
../projects/spades/contig_output_stage.cpp :check:
Найти библиотеку, которая умеет выводить в бинарники
Смотреть, вероятно, в сторону конвертации fasta в бинарники :check:
../common/io/dataset_support/read_comverter.cpp
ReadConverter::ConvertToBinary :check:
SingleStream single_easy_reader(lib...)
single_converter.ToBinary(stream)
Научиться подсовывать stream из ребер графа :check:
Можно сделать какой-то Stream сбоку и сделать ToBinary шаблоном от Stream :red_cross:
Stream, скажем EdgeSequencesStream
подсовывать в ReadStream EdgeSequencyStream :check:
Реализовать EdgeSequencyStream :check:
Добавить в MakeFile :check:
Получить итератор на ребра и итерироваться :check:
../common/assembly_graph/core/graph_core.hpp
e_begin()
e_end() :check:
Выяснить тип edge_iterator :check:
Создать папку куда выодить :check:
Сделать convertToBinary :check:
Заполучить ThreadPool :red_cross:
Совсем внутри создается EasyStream
Путь до EasyStream:
../common/io/dataset_support/read_converter.cpp
SingleStream single_reader = single_easy_reader(...)
../common/io/dataset_support/dataset_readers.cpp
SingleStream single_easy_stream
single_easy_readers streams.push_back(EasyStream..)
EasyStream возвращает SingleStream
2 more items...
Что именно из SingleStream используется с точки зрения интерфейса в Converter?
eof
read
А в общем случае у SingleStream есть
is_open
eof
read
close()
reset()
Понять в какой файл бинарные штуки нужно сохранять
Вероятно создать папку simplified_contigs и в нее уже бинарники фигачить :check:
Воспринимать additional_contigs как обычную библиотеку
Поправить spade.py так что бы в конфиге был записан путь до папки с бинарными ридами, :check:
Разобраться где записываются пути до дополнительных контигов сейчас в питонике :check:
stc/spades_pipeline/stage/spades_iteration_stage.py
prepare_config_spades ... additional_contigs_fname :check:
В плюсах обрабоать additional_contigs как библиотеку из которой нужно считывать из бинарников
Создать библиотеку при загрузке, которую потом можно будет использовать
Поискать где используются additional_contigs
../common/stage/construction.cpp
Construction::init
Создается поток из которого что-то читается...
Заменить стрим на стрим для того что бы считывать бинарники
Создать бтблиотеку для additional contigs :check:
Сделать библиотеку как-нибудь в самом начале, когда инициализируются остальные библиотеки :check:
Где инициализируются остальные библиотеки? :check:
1 more item...
Проблема, у отсальных trusted contigs испольщуется SingleRead, а в additional contigs SingleReadSeq
Можно ли как-то из SingleRead сделать SingleReadSeq? :red_cross:
Верно ли что SingleReadSeq достаточно :red_cross:
Переделать на SingleReadSeq и посмотреть что будет, добавлять только addititonal contigs :red_cross:
1 more item...
Попробуем сделать тупое решение, при котором есть отдельно stream для additional contigs которые так бац и подмешиваются в конце :red_cross:
Сделать все через бинарники и что бы было параллельно :check:
Сначала добавлять все-все trusted-contigs, через бинарники и пробовать обрабатывать точно так же как обычные риды :check:
1 more item...
Ошибка на --test, кажется что мы как-то неправильно в итоге считываем эти самые additional_contigs :check:
Узнать верно ли, что мы считываем пустую хреновину :check:
Почему-то выводятся одни нули, понять почему выводятся только нули :check:
3 more items...
Как-то объединить сущности contigs и reads в одну универсальную.
Не выводить fasta :check:
Протестировать с trusted_contigs
Почему-то если полностью все обновить, то он считает, что не может найти .off файл, то есть как-то не так имя что ли проставляется :check:
Не сходится на quest ломается MC_E.coli_is220
Сделать эталонный запуск на chihua с которым сравнивать
Скачать и скомпилировать мастер :check:
Запустить на данных на которых падает
Сравнить результаты и найти первое расходящиеся место
Все еще расходиться для SE_B.cereus
Проследить, в каких местах используется additionalContigs
is_contig_lib
GetLongReadsConfig
../common/modules/path_extand/pipeline
MakeLongReadsExtenders :check:
../common/modules/path_extend/pipeline
MakeLongReadsRNAExtender :check:
MakeBasicExtenders :check:
IsForSingleReadExtender :check:
lauch_support
IsForSingleReadExtender :check:
projects/spades/pair_info_count
ProcessSingleReads
run :check:
projects/gmapper/main.cpp :check:
pair_info_count.cpp 395 ERROR
Сделать GardMultifileStream c переопределенным диструктором
Обратно сделать использование обычного ReadStreamList
Сделать штуку которая хранит ссылку и на один объект тоже
Сделать переопределение диструктора :check:
Реализовать GardMultifileStream :check: