Salito al soglio pontificio l'inflessibile Gregorio IX, nel 1227 bandì una crociata, inviando Federico a guidarla, con l'obiettivo di allontanarlo, preoccupato dal progetto federiciano di costruzione monarchica. L'imperatore rinviava la partenza e perciò è scomunicato, scomunica che vigeva ancora quando intraprende la VI crociata (1128-1229). Nel 1229 Gerusalemme, Betlemme e Nazareth sono consegnate al Papa ma senza alcun combattimento, grazie alla azione diplomatica con Malik-al-Kamil, il colto sovrano, sognarono le città come aperte a tutti i popoli e culti.