Proprio per queste continue soppressioni, nacquero delle società segrete, che dovevano essere in grado di operare senza farsi scoprire dalla polizia. La prima organizzazione fu proprio la massoneria, e sulla sua scia se ne crearono tante altre, come la carboneria che nasce in Italia e Spagna, aveva una struttura "piramidale": al vertice c’era un ristretto numero di capi, la cui identità era segreta, mentre i membri dei livelli inferiori non conoscevano né gli altri partecipanti né i programmi dei livelli superiori. In tal modo si pensava di garantire la sicurezza dell’organizzazione, perché in caso di arresto la maggior parte dei carbonari aveva poco da rivelare alla polizia. I moti carbonari si rivelarono però fallimentari. L’ossessione per la segretezza infatti, da un lato, non fu in grado di garantire la riuscita dei piani (perché l’arresto dei capi rendeva i gruppi incapaci di agire), dall’altro rese difficili i contatti all’interno e all’esterno, ostacolando il coordinamento delle forze rivoluzionarie. Infine si rivelò inattuabile anche il progetto di molti carbonari di coinvolgere i sovrani nei tentativi di riforma.