การปรับเปลี่ยนโครงสร้างอำนาจหน้าที่ภายใน กระทรวงศึกษาธิการ และหน่วยงานด้านการศึกษาต่างๆ ทำให้เกิดความชุลมุนวุ่นวายอย่างมาก ในช่วงเวลาสี่ปีของ คสช มีการเปลี่ยนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการถึง 3 คน นอกจากนี้คำสั่งหัวหน้า คสช และกฎหมายหลายฉบับ ยังสะท้อนให้เห็นถึงความใจร้อน และเร่งรีบแก้ไขปัญหาจนขาดความรอบคอบ ซึ่งที่สุดแล้วได้สร้างปัญหาซ้ำซ้อนให้กับโครงสร้างการบริหาร ภายในกระทรวงศึกษาธิการ