Lasti välja aprill 6 ,1992.Windows 3.1x tutvustas TrueType fontide süsteemi ja hulk loetavaid fonte mis muutis Windowsi esimest korda elujõuliseks töölaua avaldamise platvormiks. Sarnane funktsionaalsus oli saadaval ka Windowsi jaoks Adobe'i Adobe Type Manager (ATM) fondisüsteemi kaudu
.
Windows 3.1 oli mõeldud tagamaks ühilduvust vanemate Windowsi platvormidega. Sarnaselt Windows 3.0-ga oli versioonil 3.1 failihaldur ja programmihaldur, kuid erinevalt kõigist varasematest versioonidest ei saa Windows 3.1 reaalses režiimis töötada. See sisaldas kaevandajat Reversi asendajana (kuigi Reversi oli veel mõnes eksemplaris).
Windows 3.1 langetas reaalse režiimi toe ja nõudis vähemalt 286 PC 1 MB RAM-iga töötamiseks. Selle tagajärjel suurendati süsteemi stabiilsust krahhi-kalduval Windows 3.0-l. Mõned vanemad funktsioonid eemaldati, näiteks CGA graafika tugi (kuigi Windows 3.0 CGA draiver töötas ikka veel 3.1) ja ühilduvus reaalse režiimi Windows 2.x rakendustega
.
386 täiustatud režiimis saavutasid aknad DOS-rakendused kasutajate võimaluse menüüde ja muude objektide manipuleerimiseks Windowsi hiirekursoriga, eeldusel, et DOS-rakendused toetasid hiiri. Windows lõikepuhvrisse võivad pääseda mõned DOS-rakendused, nagu näiteks Microsoft Wordi hilinenud versioonid. Windowsi draiverid ei saanud DOS-rakendustega otseselt töötada; riistvara nagu hiired nõudsid enne Windowsi käivitamist DOS-draiveri laadimist.