เมื่อเกิดเอลนีโญ กระแสลมสินค้าตะวันออกอ่อนกำลัง กระแสลมพื้นผิวจึงเปลี่ยนทิศทาง พัดจากประเทศอินโดนีเซียและออสเตรเลียตอนเหนือไปทางทิศตะวันออก แล้วยกตัวขึ้นเหนือชายฝั่งทวีปอเมริกาใต้ ทำให้เกิดฝนตกหนักและแผ่นดินถล่มในประเทศเปรูและเอกวาดอร์ กระแสลมพัดกระแสน้ำอุ่นบนพื้นผิวมหาสมุทรแปซิฟิกไปกองรวมกันบริเวณชายฝั่งประเทศเปรู ทำให้กระแสน้ำเย็นใต้มหาสมุทรไม่สามารถลอยตัวขึ้นมาดังภาพที่ 2 บริเวณชายฝั่งจึงขาดธาตุอาหารสำหรับปลาและนกทะเลทำให้ชาวประมงเปรูขาดรายได้ ขณะที่เอลนีโญทำให้ฝนตกหนักในตอนเหนือของทวีปอเมริกาใต้แต่ก็ทำให้เกิดความแห้งแล้งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลียตอนเหนือ ไฟใหม้ป่าอย่างรุนแรงในประเทศอินโดนีเซียในบางปีเป็นเพราะปรากฏการณ์เอลนีโญนั่นเอง