Na fotossíntese, os elétrons e prótons são obtidos pela degradação da molécula de água. Já na quimiossíntese, a energia é obtida pelos compostos inorgânicos oxidados.
Lembrando que esses compostos podem ser: ferro, enxofre e nitrogênio. Nessa fase, o ADP, ATP, NADP+ e o NADPH estão ligados à geração de energia.