A derrota marcou uma reviravolta decisiva na história do Paraguai, tornando-o um dos países mais atrasados da América do Sul, devido ao seu decréscimo populacional, ocupação militar por quase dez anos, pagamento de pesada indenização de guerra, no caso do Brasil até a Segunda Guerra Mundial, e perda de praticamente 40% do território em litígio para o Brasil e Argentina. No pós-guerra, o Paraguai manteve-se sob a hegemonia brasileira.[61] Foi o último de quatro conflitos armados internacionais, na chamada Questão do Prata, em que o Império do Brasil lutou, no século XIX, pela supremacia sul-americana, tendo o primeiro sido a Guerra da Cisplatina, o segundo a Guerra do Prata, e o terceiro a Guerra do Uruguai.
A guerra terminou, contra todas as expectativas, somente em 1870. Mais de 50 mil soldados brasileiros morreram e os custos da guerra foram onze vezes superiores ao orçamento anual do governo.[ No entanto, o país era tão próspero que o governo foi capaz de superar a dívida da guerra em apenas dez anos. O conflito também foi um estímulo para a produção e o crescimento econômico nacional, além do reavivamento da campanha abolicionista.