Spomin nanj je živel samo v krogu njegovih sinov, učencev in posameznih poznavalcev.
Odkrivati so ga začeli šele po letu 1802, ko je nemški muzikolog Forkel objavil njegov življenjepis. »Ob tem vzvišenem geniju« je napisal, »tem kralju nemških in tujih glasbenikov, so vsi pritlikavci.« Ko je leta 1829 komaj dvajsetletni Felix Mendellsohn dirigiral Berlinski pevski akademiji pri izvedbi »Pasijona po Mateju«, se je svet končno zavedel njegovega genija. Leta 1833 je izvedba »Pasijona po Janezu« še stopnjevala to zavest in ga naredila nesmrtnega. Ob stoletnici smrti (1850) se je Bachova družba lotila popolne kritične izdaje vseh njegovih del in več kot deset urednikov je delalo petdeset let, da je pregledalo vse, kar je zapisal Bach (vsi njegovi rokopisi niso ohranjeni), v času njegovega opešanega vida so večino partitur zapisali Anna Magdalena, Wilhelm in drugi sinovi.
