• Originan 1/3 distal del colon transverso, colon descendente, colon sigmoide, recto y 2/3 superior del conducto anal. Los 2/3 inferiores derivan del ectodermo circundante al proctodeo*. El 2/3 superior es irrigado por arterias rectales superiores, y el 1/3 inferior por la arteria rectal inferior (irrigan intestino posterior).
• Su endodermo también forma el revestimiento interno de la vejiga y uretra.
• Su porción terminal que entra en la región posterior de la cloaca es el conducto anorrectal, mientras que la porción del alantoides que entra en la parte anterior de la cloaca es el seno urogenital.
• La cloaca es una cavidad revestida de endodermo y ventralmente cubierta por ectodermo superficial.
•El límite entre ectodermo y endodermo forma la membrana cloacal.
• El tabique urorrectal separa el alantoides del intestino posterior. Este deriva del mesodermo que cubre el saco vitelino y el alantoides. Al final de la 7° semana la membrana cloacal se rompe y crea la abertura anal del intestino posterior y una abertura ventral para el seno urogenital. Entre ambas aberturas, el tabique urorrectal forma el cuerpo perineal. Posteriormente la membrana cloacal degenera (ahora membrana anal).