Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Сделать preprocess_reads стадией (Создать Стадию :check: (Написать скрипт,…
Сделать preprocess_reads стадией
Зафиксировать тесты, для которых будем проверять,что все все еще ок. Например, на тестах, где есть контиги. :check:
Сначала убедиться что без этой стадии все упадет. :check:
Создать Стадию :check:
Сделать шаг обновления датасета :check:
Сам датасет нужно обновить, а старую версию нужно сохранить к себе, что бы по ней, можно было что-то поделить. :check:
Разделить на два части :check:
Для contigs :check:
Для контигов всегда пересохранять в новый файл, потому что хз мы так просто поймем оно или нет. В крайнем случае сделаем линку :check:
Что нужно знать :check:
На стадии создания датасета :check:
На стадии обновления :check:
gzipped= :check:
nxmate :check:
Написать функцию, которая мне скажет имена функций :check:
12 :check:
Сделать подстадии для деления каждого из типов. :check:
Удалить run :check:
Удалить executor runPipe :check:
Сделать generate pipe :check:
Сделать обновление датасета сразу, пока забив на его сохранение и дальнейшую обработку. :check:
Для additional contigs :check:
nxmate reads :check:
interplaced reads :check:
Сохранения в yaml новый датасет :check:
Написать скрипт, который обновляет датасет. :check:
12 :check:
Выписываем в файл, все, что хотим скопировать. tmp файл :check:
nxmate :check:
contigs :check:
Удалить из support функции, которые переехали в класс :check:
Сделать что-то с тем, что нам-то нужно заранее как-то считывать риды и зырить на их длину :check:
Починить тесты, теперь мы split, даже если split не надо. Это норма.