ภาวะขาดสารอาหารเป็นภาวะแทรกซ้อน ที่พบได้บ่อยในผู้ป่วยเหล่านี้ เกิดจากได้รับอาหารน้อย ร่างกายมีความต้องการสารอาหารเพิ่มขึ้น มีการสูญเสียเพิ่มขึ้นจากอุจจาระ และอาเจียน ทำให้เสียนํ้าและเกลือแร่ เป็นผลให้กล้ามเนื้อลีบและบวมการดูดซึมสารอาหารลดลงเนื่องจากการเกิดโรคที่รุนแรงขึ้น หรือการติดเชื้อแบคทีเรียร่วมด้วย จะมีการสูญเสีย วิตามินที่ละลายได้ในไขมันทั้งหมด เช่น วิตามินเอ,ดี, อี และ เค การสูญเสียวิตามิน เป็นเหตุให้ผู้ป่วยมีการตกเลือดมากขึ้น การจำกัดอาหารเพื่อแก้ไขอาการปวดท้องและท้องเดิน การให้ยาฆ่าเชื้อ ยาลดการอักเสบ เป็นสาเหตุที่ทำให้เบื่ออาหาร และปากอักเสบ (stomatitis)ได้ โดยเฉพาะปัญหาโภชนาการ และปัญหาเกี่ยวกับการเผาผลาญ เกิดขึ้นจากการที่มีการดูดซึมวิตามินบี 12 และแร่ธาตุอื่นๆลดลง เช่นสังกะสีแคลเซียม แมกนีเซียม และการดูดซึมกลับของเกลือนํ้าดีลดลงเช่นกัน