Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Сравнить разные придикторы (Сделать парсилку (Для minowa (Подобрать просто…

- - - - Объединить таблицу и оставить только то что есть в названия :check:
      - Очистить то, где названия стремные :check:
        
        Составить список стремных названий :check:
      - Очистить, когда не производится, а как-то влияют антибиотиком и смотрят что будет. :check:
        
        Выписать подобные слова :red_cross:
        
        проверить что подобные слова не содержатся в заголовке :red_cross:
        
        Если какое-то название встрчается больше 5 раз, то херня какая-то :check:
- - - - запускать для геномов из dataset1, 2, 3 :check:
      - Перевести в peptide :check:
        
        Придумать как хранить :check:
        
        Лучше хранить в Alexey_olga, что бы не закончилось место :red_cross:
        
        тогда попробуем хранить в kolga :check:
  - - - Считываем из файлика какие геномы нужны :check:
- - - - Сделать скор для minowa :check:
    - - Загуглить какие аминокислоты есть в minowa
    - - Сделать конструктор от списка аминокислот и вероятностей :check:
        
        конструктор от вектора AminoacidPrediction :check:
        
        В aminoacidPrediction конструктор от aminoacidProb вектора :check:
      - избавиться от конструктора по строке у AminoacidPrediction # :check:
        
        Избавыить от конструкотора по строке у NRPParets :check:
        
        Избавиться от конструктора у NRPePredictor2Builder :check:
        
        Перенести парсилку в NRPsPredictor2Builder, даже можно ее статик сделать для начала. :check:
        
        Избавиться в тестах, заменить на статическую функцию и конструктор из NRPsPredictor2Builder :check:
    - - В основной программе, как обязательный параметр :check:
        
        Использовать для выбора Prediction :check:
        
        использовать для выбора скор функции :check:
      - Для срипта обертки как именно параметр # :check:
    - - почему-то считает что путь проходит через bio :check:
        
        переименовать путь в файлике с info :check:
      - File "/home/olga/tmp/NRP/bin/run_nrp_matcher.py", line 111, in gen_abs_paths_to_prediction :check:
        
        Удалить пустую строчку из списка prediction :check:
      - Проблема, что с помощью minowa ничего не нашли. Нужно это отдебажить.
  - - - Создать класс :check:
      - Вынести в общий класс общие части :check:
        
        EPS :check:
        
        nrpparts :check:
        
        getPrediction :check:
        
        getAAByNAme :check:
      - Взять правильный путь до файла и прочитать :check:
        
        Распарсить один токен :check:
        
        распарсить имя и порядок. :check:
        
        понять как парсить tsv :check:
    - - В py :check:
      - в с++ :check:
  - - - Распарсить файлик с предсказаниями :check:
        
        Придумать как парсить JSON Link Title :check:
        
        Установить библиотеку Возможно более правильный путь, но за 5 минут не получилось :red_cross:
        
        Просто добавить один хедр в библиотеку :check:
        
        реализовать функцию parse_predictions :check:
        
        нужна своя табличка аминокислот с блекджеком и поэтесами :check:
        
        getAAbyName() :check:
    - - Добавить вариант во внутрений класс :check:
        
        Выбор предиктора по параметру :check:
        
        Выбор скора по параметру :check: