Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Тестирование spades.py :check: (Тесты :check: (Проверка разных режимов с…

- - - - Скомпилировать Новую и страую версию spades.py :check:
        
        Организовать рабочее пространство для тестирования :check:
    - - Создать скрипт, который бедет запускать тесты :check:
    - - setUP, создать output folder если еще нет, Вывод производится в outMaster и outArgParse :check:
      - Удалить папки outMaster и outArgParse :check:
  - - - Несколько раз -o тоже упасть :check:
      - Если не поставить -o упасть :check:
    - - добавть large_genome в список mode :check:
  - - - Нужны ли реальные данные или можно фиктивные просто для проверки, что конфиги делаются?? :red_cross:
      - Сделать вариант задания через toy.yaml :check:
      - Найти какие-то длинные риды :check:
      - Найти merged риды :check:
      - Нужны риды для mp, hqmp, nxmate, давай-те считать что это все тоже самое что для pe :check:
    - - Сделать map входной аргумент и где лежит описание датасета :check:
      - Сделать проверку что падает с ошибкой если есть -1 и нет -2 :check:
      - Сделать проверку, если есть несоответсвие по номерам библитоеки :check:
      - Если только long reads, то бубух :check:
      - Протестировать merged :check:
        
        Что падает если просто merged :check:
        
        Передаем парные риды -1 -2 -m, -2 взять реверс комплементарным :check:
      - Сделать -12 риды. Методом взять и склеить. :check:
      - отдельно проверить с ориентацией :check:
        
        Для выставленных библиотек, перебрать ориентации :check:
        
        pe :check:
        
        Сделать функцию, которая выдает новую и старую ориентацию. :check:
        
        mp :check:
        
        hqmp :check:
      - Сделать проверку, что работают одинаоково старые и новые версии аргументов. Вида запустить то и то и полностью сравнить папки с точностью до tmp :check:
      - Сделать тупой запуск для всех префиксов с вариантами -1 -2 :check:
        
        Сделать tmp папку, куда копировать риды и переименовывать под номер библиотеки. В конце теста удалять папку. :check:
        
        Исправить баг, то что почему-то считается у ArgParse нужны еще параметры. :check:
        
        Баг, то что если в новой версии передать аргуметы он не выдает ошибку что ващето нужны еще и перные ридв. :check:
      - Тестирование других возможных суффиксов -s, -m, -12 :check:
        
        -12 :check:
      - Протестировать --s :check:
    - - Если --rna и то что там не должно было быть, то выдать Error :check:
      - --rna, присутсвие --pe :check:
        
        Просто одна --pe :check:
        
        Перебор дополнения для --pe :check:
        
        --pe и какая-та еще библиотека :check:
        
        --ss :check:
      - Перебор режима и способа вводить данные. :check:
      - Проверить ошибки для --meta :check:
    - - Пусть 9 библиотека pe reads, добавить вторичные риды все остальные. :check:
        
        Длинные риды. :check:
        
        Фраза Error correction не считается ошибкой. :check:
        
        input_data_yaml, после перезаписи не гарантируется порядок. :check:
        
        Давай-те исключим из сравнения :check:.
        
        Две библиотеки со всеми вариантами префикса, 9 библиотека из которых pe :check:
        
        У другой библиотеки есть -1 -2 :check:
        
        У другой библиотеки есть -12 и что-то еще, что угондно :check:
        
        with --s :check:
        
        Почему индексы у созданных файлов разные, после
        correction?? :check:
        
        Там hammer именует по порядковому номеру библиотеку, порядковый номер может отличаться. (возможно зависит от порядка парсингв) :check:
        
        Злостно удалить из рассматрения fastq,вероятно в будующем стоит более точечно удалять кусок названия и сравнивать так :check:
    - - Взять какие-нибудь длинные риды, например, контиги :check:
        
        Риды должны быть в fq формате... :check:
        
        Сделать fastq формат, притом руками, да будет один несчастный рид, ну что поделать, кому сейчас просто. Можно в целом несколько раз скопировать. :check:
  - - - Папка удаляется. Это плохо. Сделать так, что бы не удалялась. :check:
    - - Сравнить полностью. Исключить папку tmp и saves :check:
        
        Исключить tmp и saves Link Title :check:
        
        Разница в словах ArgParse и Master :check:
        
        Заменить эти слова на пустоту grep solution :check:
        
        Не сравнивать то что заканчивается на .fastq.gz :check:
      - assembly_graph.fastg порядок может отличаться, не надо сравинивать :check:
      - tmp_dir разное, отражается на config.info :check:
        
        Удалить строчки с tmp_dir :check:
      - params.txt различаются :check:
        
        SPAdes version(поменять версию в мастере??) :check:
- - - - Удалить ненужные части с grid-engine :check:
        
        Закомитеть :check:
      - Сделать копию :check:
- - - - Например сохранить во внутрений конфиг, потому что почему бы и нет :check:
      - Но при этом как-то сами файлики вообще нихрена не скопировалисть. :check:
        
        Зачем полностью удалять папку на строчках 64-67?? :check:
  - - - Как-то не согласовались preprocess_reads :check:
        
        Нужно пересохранить dataset_data, после обновления в preprocess_reads :check: