Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Сделать парсинг для всех prediction :check: (Научиться запускать (SANDPUMA…

- - - - Ошибка при pip install
        locale.Error: unsupported locale setting :check:
        
        Установить через conda :check:
        
        Установить в conda pip :check:
        
        conda install -c jmcmurray json :check:
        
        conda install -c conda-forge regex
        :check:
        
        conda install -c anaconda scikit-learn :check:
        
        conda install -c anaconda csvkit
        :check:
        
        conda install -c jmcmurray os :check:
        
        conda install -c anaconda system :check:
        
        conda install -c conda-forge glob2 :check:
    - - Can't open perl script "bin/adomhmm.pl": No such file or directory
        Надо запускать из папки с SANDPUM :check:
        
        Установить другие перловые пакеты от которых есть зависимость :check:
        
        Test::Most :red_cross:
        
        Test::Differencesшт :red_cross:
        
        Test::Warn :red_cross:
        
        Установить другим способом https://bioperl.org/INSTALL.html
        Нужно через sudo устанавливать :check:
        
        установить perlbrew :check:
        
        установить sudo apt install cpanminus
        :check:
        
        Сделать локальные настройки sudo locale-gen en_US.UTF-8 Link Title :check:
        
        sudo cpanm XML::LibXML::Reader :check:
        
        https://stackoverflow.com/questions/13965140/how-can-i-install-xmllibxml-on-ubuntu :check:
      - Error: Failed to open sequence file tmp.faa for reading :check:
        
        Если в том же месте, то ок запускать :check:
      - AttributeError: 'dict_items' object has no attribute 'sort' :check:
        
        О госпади, у меня питон3, а они видимо хотатят 2 :check:
        
        Заменить в ./bin/allpred.pl на python2 :check:
        
        А теперь нужно установить все эти библиотеки под второй питон :check:
      - Как запускать первую часть не из папки со скриптом? :check:
        
        perl bin/adomhmm.pl $1 Вот весь скрипт :check:
      - Use of uninitialized value $acc in numeric lt (<) at /home/dereplicator/kolga/soft/sandpuma//bin/rescore.pl line 141, <$efh> line 10.
        Use of uninitialized value $acc in string at /home/dereplicator/kolga/soft/sandpuma//bin/rescore.pl line 145, <$efh> line 10.
        
        Найти какие-то более простые данные, что бы быстрее все это доделывало. :check:
        
        Установить в perl cwd :check:
        
        Уменьшить датасет так, что бы это воспроизводилось.
  - - - NCBI blast
      - HMMER