Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
Добавить GFA2 gap edges :check: (Реализовать :check: (Протестировать …
Добавить GFA2 gap edges :check:
Выбрать что реализовывать :check:
Изучить спецификацию GFA2 формата :check:
Вспомнить а что я с GFA1 делала :check:
Изучить мельком приложения которые прислал Шон :check:
Подобрать датасет для проверки :check:
Например, взять одно из приложений и запустить его на каких-то данных :check:
Установить ABySS и запустить DistanceEst :check:
Проапгрейдиться на новую версию, в которой уже есть --gfa2 :check:
Скомпилировать из исходников :check:
Хочет использовать sparsehash :check:
забить, потому что только на мелких датасетах будем игарть
Кажется ему что-то не нравится, ну и хрен бы с ним тогда. :red_cross:
Установить google sparsehash
Link Title
libsparsehash-dev :check:
Сказать что всегда GFA2 для DistanseEst :check:
Реализовать :check:
Сделать отдельную ветку :check:
Сделать параметр --gfa2 :check:
Добавить вытаскивание контигов из GFA2 :check:
Сделать вплюсовой часте такой способ парсинга графа :check:
Если нет описани S, то можно еще передать fasta и тогда контиги будут взяты от туда :check:
Видимо сделать * как параметр для fasta. Если fasta есть, то парсить ее, иначе смотреть на S. :check:
Вынести в общий вид setContigFileName и initGraph :check:
Не использовать дополнительные массивы map,поскольку вся инфа есть в графе :check:
добавить функцию getVertexName :check:
Переименовать функцию из readHeaderInit в graphInit :check:
Вынести contigFileName во что-то общее :check:
ConnectionGraphBuilder избавиться от лишних массивов для сохранения id и имени, а импользовать граф этой цели. :check:
Вынести initGraph() :check:
Сделать класс GFA2, который нужно будет парсить. :check:
Сделать установку и хранения файла с GFA :check:
Сделать построение графа по GFA
#
:check:
РАспарсить GFA :check:
Распарсить S, если нет установленного fasta :check:
Распарсить G lines :check:
Частивно поддерждать E ребра :check:
Понять нужно добавлять ребро или нет :check:
1 more item...
Распарсить ориентацию и от этого сдалать имя. :check:
Обновить GraphControl для варианта с GFA2 :check:
Добавить в тип библиотеки GFA2 :check:
Вероятно в коде а JS тоже нужно добавит обработку GFA2(сделать поиск по GFA, что бы проверить все места) :check:
Добавить в ContigGraph :check:
Протестировать :check:
Что не сломался fastg :check:
Сохранить старую версию программы с результатом :check:
Сделать новую и посмотреть на разницу :check:
Скомпилировать все это чудо :check:
Взять какой-то вариант с GFA2 c gap, запустить на нем и проверить что что-то выводит. :check:
Почему-то seg fault :cry: :check:
Сделать релиз :check:
Поправить документацию :check:
Бесит, нужно уже сделать какие-то варианты тестов, что бы настроить и все сразу само работает. //Это задача на потом
!!!!! Добавить описание GFA2 discription :check:
Статические сборки MAC, UNIX :check:
Слить с develop, а потом с master :check:
Обновить время на маке :check:
Обновить версию в папочке с версией :check:
Обновить conda
#
Ответить Шону про результаты :check: