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TERMINAZIONE (TERMINAZIONE (che cos'è ? (Pervasive trascription (in…

- - - - Con l'arrivo dei sistemi High Throughput è stato coniato questo termine, si riferisce
      - in una cellula vengono sintetizzati continuamente RNA
        
        questo perchè la Pol è continuamente in azione non appena individua una zona libera da nucleosomi
      - e a tutti questi RNA presenti nelle cellule Euca non è stata ancora attribuita una funzione
    - - Perchè sono i più conosciuti
      - E sono quelli che hanno avuto una modificazione Post Trad al 5' e al 3' / Capp e coda polyA
    - - La sequenza AAU AAA
        
        1_ E' il sito di aggancio di un Complesso Multiproteico
        
        Cleavage and Polyadenyla Specifity Factor (CPSF)
        
        E' un complesso multi proteico contiene una sub unità che riconosce la sequenza segnale di terminazione
        
        Interagiscono fra loro
        
        Contiene anche una sub unità con proprietà Endonucleasi che taglia il trascritto
        
        Cleavage stimulation
        Factor
        
        Contiene una sub unità che riconosce il CA trascritto sull' RNA
        
        Al quale appartengono diversi fattori:
        
        2_ La sub Unità di CPSF con proprietà endonucleasi TAGLIA il trascritto in corso di sintesi
        
        Avviene il taglio che lascia libere 2 estremità :
        
        3' che è quella dell'RNA trascritto che poi sarà destinato ad un destino specifico (RNA che hanno un destino che si esplica nel citoplasma)
        
        Stiamo parlando di un sistema in cui la
        
        La Pol2 corre sull'unità di trascrizione del DNA e
        
        Produce questi segnali che
        
        Vengono riconosciuti sul RNA da parte del Complesso di aglio e Poliadenilazione
        
        3_ A questo punto, una specifica Polimerasi =Poly(A)= (PAP)
        
        Cosa fa?
        
        1_ Riconosce in vicinanza del Complesso di Clivage il terminale 3' rimasto libero
        
        2_Aggiunge le A in 2 fasi :
        
        1_ Aggiunge qualche decina di nt poi
        
        2_ Il complesso si stabilizza quando intervengo le proteine che legano l'RNA
        
        3_ La Pol2 comincia a sintetizzare una successione di Adenine in coda al trascritto (in maniera più rapida e anche in n°> 200nc A)
        
        E' una polimerasi che aggiunge solo A, in modo indipendente dallo stampo
        
        La codaPolA è un elemento che
        
        1_ Stabilizza questo trascritto ma anche
        
        2_ E' responsabile del legame EIF 4G
        
        Uno dei Fattore di inizio della traduzione se stiamo parlando di un Rna mess
        
        Il quale è anche Responsabile della formazione di un loop
        
        cioè
        
        2 more items...
        
        E' necessaria che si formi questa interazione,
        
        e questo dipende
        
        Dalla presenza del PoliA
        
        e questi Fattori che si trovano localmente sulla coda del trascritto e servono ad interagire con l'inizio del trascritto
        
        1_
        
        Il taglio
        
        Avviene dopo un Adenina proceduto da una Citosina
        
        Distanziata
        
        Da pochissime decine di nc dal sito di taglio Endonucleolitico
        
        2_
        
        Questo è il Segnale
        
        E' Riconosciuto nella gran parte ma non è una sequenza strettamente conservata
        
        E' generalmente presente
        
        Nella regione 3' terminale dell'unità di trascrizione dopo il segnale di stop
      - Negli Eucarioti
        
        Quindi è chiaro che sequenze di questo genere con una certa variabilità nelle posizioni possono essere presenti più di 1 nella coda del trascritto
        
        I trascritti degli eucarioti possono essere tagliati in più posizioni ( lo stesso trascritto può avere le regioni non tradotte al '3) la coda può avere dimensioni diverse '
        
        Indipendentemente dove si forma il taglio restano libero un terminale 5' OH mono fosfato
        
        quindi la terminazione e la poli-Adenilazione sono 2 fasi successive al taglio, il taglio è il primo step della terminazione
        
        Questa sequenza non è propriamente Consensus
        
        Di fatto sono sequenza ricche in A e T seguite da
        
        Un CA nel DNA
        
        GU nell trascritto RNA
        
        Successivamente
  - - - Nel uomo XRn2
      - Nel lievito = Rat1
    - - questo vi dice che di fatto
        
        Aggrediscono solo RNA che si producono dal taglio Endonucleotidico di un qualsiasi trascritto che sia :
        
        un RNA prodotto dalla Pol2 e quindi protetto dal Cap ma
        
        che sia anche un RNA prodotto da altre RNAPolimerasi perchè all'inizio di un trascritto c'è sempre un trifosfato
      - La Pol2 continua a trascrivere
      - Queste Esonucleasi hanno una velocità di gestione del Rna superiore alla velocità di trascrizione della Pol
        
        Quindi tutto è ancora agganciato sia ad DNA che all'RNA
  - - - Il dominio C terminale delle RNAPol è caratterizzato dalla presenza di ripetizioni di sequenze aa consensun,
        
        è un Eptapeptide che viene ripetuto 26 volte nella coda della RnaPol di lievito e 52 volte nella coda RnaPol umana
      - quindi sono presenti una serie di aa( treonina serina e tirosina )sono aa suscettibili di fosforilazione
        
        Esperimento hanno osservato una diversa fosforilazioni dei diversi residui è stata associata a diverse fasi del processo di trascrizione (Inizio = iperfosf della Serina posizione 5 / Allungamento= Iperfos della treonina 4 /Terminazione= treonina 4 )
        
        Anche l'acetilazione metilazione / glicosilazione /Ubi = interessano la coda carbossi terminale sono associate alle fasi
        
        i diversi processi sono regolati simili ma i fattori che intervengono sono diversi
  - - - è un complesso ribonucleolitico evolutivamente conservato costituito da 10 o 11 subunità
      - E' presente in un architettura base sia nel nucleo che nel citoplasma
      - Ha un ruolo
        
        Nella rimozione
        
        Degli RNA che si presentano come risultato della trascrizione criptica
        
        Vari trascritti aberranti, comprese
        
        Le specie di RNA stabili che vengono elaborate in modo errato
        
        e gli mRNA che non subiscono uno splicing appropriato o 3 'end formation
        
        A che fare anche con la maturazione dei trascritti
        
        Influisce nell'eliminazione con il mantenimento di porzioni introniche
        
        Nel sorvegliare lo stato trascrizione della cellula, (in particolare controllo della trascrizione pervasiva)
  - - - arriva il complesso della PoliAdenilazione e le proteinache legano la polA
    - - arrivano le Esonucleasi presenti nel complesso dell'esosoma e aggrediscono l'altro terminale quello che deve essere degradato
    - - 1_ Terminazione in geni codificanti CODING mRNA, ci sono 2 modelli:
        
        CONFORMAZIONALE
        
        Le Esonucleasi arrivando in vicinanza della coda CTD della RNAPol induce, in qualche modo con i fattori che vengono riconosciuti fra il livello postr-draduzionale della coda e i fattori specifici, induce nell RNAPol una modificazione conformazione tale per l RNA Pol si stacca dal DNA
        
        Taglio/ Poliadenialzione / Distacco della DNAPol dal DNA sono eventi diversi
        
        TORPEDO
        
        Gli enzimi degradativi che fanno parte del Lesosoma avanzino sull RNA neo trascritto in corso di sintesi molto più rapidamente di quanto stia avanzando l'RNAPol sul Dna a valle dell'unità di trascrizione fino a raggiungerla e destabilizzarla
        
        Nel processo intervengono anche fattori presenti nel lesosoma e quelli riconosciuti nella coda PoliA
        
        Ci sono dei componenti proteici che riconoscono lo stato di fosforillazione della coda della RNAPol. Questo modello riconosce la fosforillazione della serina 2 nella coda dell'RNAPol
      - 2_ Riguarda gli RNA non codificanti e di tipo regolativo
        
        In lievito è un numero fondamentalmente ridotto
        
        Stiamo parlando di piccoli RNAnnCod e RNa di tipo regolativo
        
        In questo caso il complesso che interviene
        
        Riconoscono delle piccole sequenze e caratteristiche su questi unità di trascrizione per RNANon codificanti.
        
        e la Degradazione del terminale che deve essere eliminato
        
        Avviene ad opera di
        
        Un sistema esonucleasico diverso =
        
        TRAMP = degrada i frammenti brevi / ed è costituito da nucleasi che degradano le estremità degli RNA
        
        NNS contengo 2 RNA binding protein che legano Rna e hanno attività elicasica
        
        E' importante per la poliadenilazione
        
        I piccoli trascritti
        
        Che sono instabili perché vengono rapidamente aggrediti dai componenti del sistema d degradazione dell'RNAnucleare.
        
        che si originano a livello del promotore quelli che vengono prodotti dal resto dell'RNAPol dopo ad essere partita a trascrivere in vicinanza del promotore si arresta e da allora vengono liberati questi piccoli trascritti
      - 3_ Nei Metazoi
        
        E' ancora più variabile oltre alle modalità anche per i segnali della terminazione
        
        Hanno individuato poco meno di 10 diverse sequenze di terminazione per un unico enzima di trascrizione che è la Rna Pol2
        
        Il meccanismo
        
        CoTC (Cotranscriptional Cleavage type terminator elements) hanno identificato una serie di segnali che det il cleavage co trascrizionale del RNA in via di produzione
        
        Senopus = hanno avuto la possibilità di differenziare i 2 segnali quella del clivage e quello della poliadenilazione
        
        il distacco della RNA Pol dipende dall'aggiunta della Coda PoliA ma non dal Clivage (a differenza del lievito)
        
        Favorito modello allosterico
      - Small Nuclear RNA
        
        la trascrizione / terminazione sono diversi da quelli che hanno luogo per gli mRNA
        
        Complesso =Integrator=
        
        ha componenti proteiche che tagliano/ digeriscono l'Rna e in questo caso l'RNAPol viene fosforillata nella serina 7
        
        Si riconosce una sequenza conservata di nt =3' Box necessaria per la terminazione della trascrizione per la maturazione del trascritto
        
        questa sequenza è riconosciuta dal complesso...
        
        Ci sono dei co- fattori e delle chinasi che modificano la coda della RnaPol mentre questa sta trascrivendo dei piccoli RnA nucleari nei metazoi
        
        NEF =Negative allongation factor
        
        Rallenta la trascrizione della Rna Pol2
        
        tutti i trascritti della RnaPol sono modificati al Capp quindi non possono essere indirizzati alla degradazione
        
        Fattore che rallenta l'attività della Pol