Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Добавить обработку модификаций (Реализовать новую архитектуру для…

- - - - NRP храниться в виде списка аминокислои
        
        В NRP хранить реальную формулу
        
        Хранить Aminoacid у которого уже есть enum и есть getFormula и у NRP, по факту, все равно none, мы хз кто это.
    - - Применять модификации нужно именно к prediction
        
        Теперь может подходить несколько мест в prediction. Вынести оптимальный выбор в score.
    - - В score знаем аминокислоту, модификацию и вероятность. Можем решить какой вариант лучше
        
        Get AA score for that data
    - - Поменять способ записи формул, что бы легко применять модификацию
      - The same, вычитаем из одной формулы другую и смотрим, какая есть модификация, возвращаем модификацию
- - - - Переименовать enum Aminoacid->AminoacidId :check:
    - - Удалить использование get_AA # :check:
        
        id->AA в aminoacidProb :check:
        
        getAAPos aaId->AA # :check:
        
        В NRP хранить аминокислоты, а не id :check:
        
        get aminoacid # :check:
        
        contaion :check:
        
        operator == for AA :check:
      - Создать конструкторы :check:
  - - - Сделать конструктор по строке :check:
      - Сделать массивчатое хранение :check:
      - конструктор по умолчанию: пустая формула :check:
  - - - Сделать наследование Score. Score with modification :check:
        
        Создать класс :check:
        
        Сделать вычитание аминокислот :check:
        
        Сделать вычитание для формул :check:
      - В scoreAA вместо contain get the best :check:
        
        Score for AA1, AA2, prob, position :check:
        
        get The best AA in pred в основном интерфейсе скора :check:
      - В Matcher использовать getTheBestScore вместо самостоятельного выбора :check:
        
        Хронить score в Match :check:
        
        Либо хранить ссылку на score или сделать массив с prob static что бы он хранился и заполнялся один раз. Поскольку память *100 это много. :check:
        
        Так же выдавать информацию о позиции и prob наилучшего результата :check:
    - - Запустить на реальных данных и посмотреть как работает :check:
        
        Сделать красивый вывод модификаций :check:
        
        Выдавать аминокислоты с засунытми модификациям :check:
        
        Определить оператор вывода у аминокислоты :check:
        
        Баг, то что создается временная NRPLine, а она там находиться по ссылке в матче. Нужно что бы getLines возвращал ссылки на внутрености. :check:
      - Совсем простой тест, что вот если есть вариант матча только с модификацией то все будет ОК и он выбирется :check:
        
        Добавить прибавление Модификации к аминокислоте :check:
        
        Формула храниться итоговая суммарная, храниться вектор модификаций :check:
        
        Сделать += для формул :check:
        
        Конструктор модификации по id :check:
      - Сделать так, что бы проходились тесты с модификацией :check:
        
        Использовать правильный скоринг, а не то что в предке :check:
        
        Если на отрезке нет модификаций, то тот же скор что и у обычного должен быть. :check:
        
        Добавить на это тест :check: