Mens samsara og nirvana i de eldre skolene og i theravada-skolene ble betraktet som virkelig eksisterende, diametralt motsatte størrelser, gikk den filosofiske utviklingen i mahayana mer i monistisk retning. Madhyamika-skolen, som ble stiftet av Nagarjuna (150–250 evt.) på 100-tallet, lærte at frelsen lå i negasjonen av alle begreper og forestillinger idet den eneste virkelighet var shunyata («tomheten»). Retningen artet seg derfor som en radikal kritikk av de eldre skolene. Yogachara-skolen, som kan føres tilbake til brødrene Asanga og Vasubandhu (300–400-tallet evt.), stod for en idealistisk filosofi der tilværelsen tenktes helt og holdent å bero på citta («tanken, bevisstheten»). Begge skoler var viktige for mahayana-buddhismens videre utvikling i India og Øst-Asia, og ofte ble madhyamikas «tomhet» identifisert med yogacharas «bevissthet», for eksempel i tantrismen som gjorde seg gjeldende innen den indiske buddhismen fra 500–600-tallet evt. og som kom til å sette sitt preg på buddhismen i Tibet og Nepal.