Абдукция даёт новый ключ для объяснения многих сторон практической и интеллектуальной деятельности. Однако некоторые философы науки критикуют саму структуру абдукции у Пирса, считая, что между фактами и гипотезой нет рациональной связи, поэтому для объяснения фактов могут быть использованы совершенно разные гипотезы. Другое возражение против структуры абдукции связано с тем, что гипотеза, которая предлагается для объяснения фактов, предполагается частично известной или найденной каким-то иным способом. В науке действительно часто бывает так, что аналогичная гипотеза частного характера, или элементы некоторой гипотезы, являются известными. Но в абдуктивном рассуждении такая гипотеза не используется в прежнем виде: она либо обобщается, либо применяется к другим случаям, либо прежние элементы старой гипотезы объединяются в новую систему. Поэтому в данном случае речь не идёт о непосредственном применении старой гипотезы или её элементов в новой. На это возражение ответил ещё сам Пирс: «Верно, что различные элементы гипотезы были в нашем уме и прежде. Но идея объединить их вместе никогда не приходила нам в голову до этого, пока внезапно не возникло новое предположение до наших размышлений».