Chaque SCD est administré par un Conseil documentaire, organe dont le rôle est consultatif. Il peut comprendre, selon le niveau de coopération documentaire (S CD ou SICD), vingt à trente membres dont le président de l’Université ou son représentant, des enseignants-chercheurs, des personnels, des étudiants, des personnalités extérieures désignées par le président de l’Université. Le conseil soumet des propositions pour modifier le règlement intérieur. Ses missions s’attachent particulièrement aux questions budgétaires et à la politique documentaire. Vote du budget du service, informations relatives à la répartition des crédits entre chaque organisme, le conseil est par ailleurs consulté sur les partenariats et propose des pistes sur la mise en œuvre de la politique documentaire, sur l’évolution et les projets du service.