Pengelolaan belanja BLU terdiri atas teknis pengelolaan belanja, pengadaan barang dan jasa BLU, dan pengelolaan aset. Belanja BLU terdiri atas belanja pegawai, barang, dan modal yang dapat berasal dari RM, hibah, hasil layanan, dan hasil kerjasama.
Belanja BLU harus diatur supaya arus pengeluaran keuangan BLU dapat dipastikan efektif, efisien, dan sesuai praktik bisnis yang sehat.