Логічним є припущення, що Богдан отримав початкову домашню освіту, а далі навчався в парафіяльній школі. Палеографічний аналіз власноруч написаних гетьманом листів виявив почерк з прикметними рисами Київської школи. Тому не виключено, що навчався він у школі при якомусь із київських монастирів. Можливо, десь у 1609 році, на пропозицію гетьмана Жолкєвського, батько віддав його до Львівської єзуїтської колегії, де був учнем Андрея Ґонцеля-Мокрського, доктора теології, відомого письменника і проповідника. Там майбутній гетьман навчався п'ять-сім років, де був добре обізнаний з всесвітньою історією, в колеґії він дістав добрі знання латинської мови, досконало володів польською мовою, а згодом навчився ще турецької, кримськотатарської і французької мов. У 1648 році Мокрський входив до делегації львівських міщан до Хмельницького, що облягав Львів із своїм військом і татарами. Гетьман упізнав Мокрського, і залишившись один на один, упав у ноги своєму вчителеві та дякував за навчання
