Pengelolaan yang tertib dan berpedoman pada good governance dibutuhkan dalam mengelola kas, utang, piutang, dan investasi BLU. Selain itu, diperlukan perencanaan jangkan pendek dan jangka panjang dalam pengelolaan utang maupun investasi. Hal ini merupakan salah satu bentuk dari pengelolaan rekening BLU yang nantinya akan berdamoak pada pengelolaan dan kinerja keuangan yang baik.
Pengelolaan kas bertujuan untuk mengelola idle cash dan menghindari missmatch, pengelolaan utang digunakan untuk menjaga kontinuitas BLU dilihat dari kemampuan memenuhi kewajibannya, pengelolaan piutang bertujuan untuk mengetahui hak yang masih dapat dioptimalkan oleh BLU, dan pengelolaan investasi berguna untuk mengembangkan BLU.