Pendapatan BLU terdiri atas rupiah murni, pendapatan jasa layanan, hasil kerjasama & usaha lainnya, hibah, dan pendapatan lainnya. Pendapatan BLU dikelola sedemikian rupa dan memanfaatkan 3 jenis rekening yaitu rekening penerimaan, pengeluaran, dan rekening lainnya (pengelolaan kas, operasional, dan dana kelolaan). Pengesahan pendapatan dilakukan melalui KPPN dengan pengajuan SP3B. Pendapatan BLU harus dikelola dengan baik karena akan sangat berpengaruh pada berlangsungnya operasional serta kinerja BLU dalam memberikan layanan kepada masyarakat.