Kyrkorna hade oenighet om kyrkans ledarskap (Påven i väst, Patriarken i öst), Kyrkans centralort, gudstjänstspråket, utförelsen av sakramenten, kravet på prästernas celibat (i katolska har präster, biskop och diakon obligatorisk celibat, i ortodoxa är endast munkar, nunnor, biskopar och ärkebiskopar i celibat, präster får gifta sig) samt formuleringen av trosbekännelsen (filioque-tillägget i den katolska kyrkan, i ortodoxa bara Fadern och den heliga Anden)