Quizás sea la más peligrosa, y es la más común; esta contaminación se da por una serie de procesos y actividades humanas, entre las cuales se encuentran el uso de pesticidas, fármacos, hidrocarburos y metales pesados, entre otros. Muchas de estas sustancias son arrojadas directamente a los cuerpos de agua, pero otros caen de manera indirecta, siendo arrastrados por las escorrentías, la lluvia o aguas subterráneas