A la fecha, el género Malassezia está incluido en el filo Basidiomycota, subfilo Ustilaginomycotina, clase Exobasidiomycetes, orden Malasseziales, familia Malasseziaceae, e incluye 14 especies: Malassezia furfur, M. pachydermatis, M. sympodialis, M. globosa, M. obtusa, M. restricta, M. slooffiae, M. dermatis, M. japonica, M. nana, M. yamatoensis, M. caprae, M. equina y M. cuniculi.
