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Aplicación de secuenciación masiva para el estudio y exploración de…

- - - - Estudios transcriptómicos (secuenciación de ADNc)
      - Tecnologías funcionales
        
        Metabolómica
        
        Proteómica
    - - Describir el potencial biotecnológico
      - Utiliza información de referencia del genoma o por mapeo del mismo (a nivel de nucleótidos)
      - Investigar de forma más amplia la ecología microbiana y sus interacciones con otros seres vivos
      - Deduce la funcionalidad de un gen o proteína mediante búsquedas en bases de datos como NCBI, KEGG, SEED
    - - Alta producción de datos, a partir de la secuenciación masiva en paralelo en el orden de las “Gigabases” o “Terabases”
      - Pasos
        
        Preparación de bibliotecas y templado
        
        Reacción de secuenciación
        
        Análisis de datos
      - Generaciones
        
        Segunda
        
        Métodos dependientes de una etapa de amplificación vía una PCR para intensificación de señal antes de la reacción de secuenciación
        
        Se consideran de este tipo las plataformas
        
        454 Life Sciences de Roche®
        
        Las diferentes plataformas de Illumina®
        
        Plataformas de Life Technologies el SOLiD®
        
        Tercera
        
        PacBio RS®
        
        Es capaz de secuenciar pequeños fragmentos de DNA miles de veces con gran precisión y leer secuencias de DNA que tengan un largo de entre 1,000 bases y 1,200 bases
        
        Su costo sería de USD $100, 10 veces menos el de una corrida en las plataformas de segunda generación y una velocidad de 12 h por corrida.
    - - Brinda información de la estructura de las comunidades microbianas
        
        Genomas, análisis funcionales de genes, proteínas, enzimas y metabolitos secundarios, análisis filogenéticos y taxonómicos a nivel de especie, análisis de transferencia horizontal de genes
- - - - Cerca del 99% de una comunidad microbiana presente en el ambiente no es accesible por métodos tradicionales de aislamiento
        
        Caracterización bioquímica y metabólica (placas EcoPlateMR de BIOLOG)
        
        Microscopia
        
        Cultivo en medios microbiológicos