Los costos para cada estrategia, se calcularon tomando en cuenta los precios en promedio de distintas compañías. En el caso de las secuencias obtenidas por shotgun, para clones y T-RFLPs, el costo fue calculado enlistando el material necesario requerido para ambas técnicas (Taq polimerasa, dNTPs, materiales), añadiéndose un costo aproximado para la extracción de ADN. Para los T-RFLPs se consideró el costo por corrida en el secuenciador automático de capilares (rendimiento de capilares, materiales utilizados, POP6, formamida, buffer y marcador de peso molecular fluorescente) y para clonación se consideró el costo de los kits de clonación y extracción de plásmidos. Se tomó en cuenta el menor precio de secuenciación por muestra, comparando dos unidades de secuenciación.
