Diante dessas agitações, os imperadores passaram a intervir nos assuntos da
Igreja. O Código de Justiniano instituiu o cesaropapismo, sistema no qual o chefe de Estado controlava também a Igreja (como o papa). Essa junção entre poder político e
poder religioso teria grande influência na vida social do período, tanto no Oriente como no Ocidente. Ao mesmo tempo, as diferenças entre o cristianismo oriental e o ocidental continuaram a se acentuar. Como consequência, em 1054 os cristãos do Oriente fundaram a Igreja ortodoxa, separando-se da Igreja de Roma. Esse movimento, conhecido
como o Cisma do Oriente, dividiu o mundo cristão em dois: uma parte católica, subordinada a Roma, e outra parte ortodoxa, com sede em Constantinopla. Para o
mundo bizantino, a religião ortodoxa foi um importante elemento de unificação e identidade.