El tratamiento de un quiste tirogloso consiste en la resección quirúrgica, a menudo requiriéndose la remoción de la sección media del hueso hioides. Aunque son quistes por lo general benignos, el quiste tiende a ser removido si el paciente exhibe dificultades para respirar o tragar, o si el quiste llega a infectarse. Aun si estos síntomas no están presentes, puede decidirse el tratamiento quirúrgico del quiste con el fin de evitar el riesgo de su infección o la posible aparición de un carcinoma, o bien por razones estéticas, si la protrusión es notable en el cuello. El manejo quirúrgico requiere la escisión del quiste, así como sus conductos y ramificaciones, de existir. El remover la porción central del hueso hioides se indica para asegurar que todos los conductos sean removidos de su paso. No es probable ver recurrencias después de tal operación. Con frecuencia se indican antibióticos, en especial si hay signos de una infección. Después de la operación se recomienda evaluar la función tiroidea, así como imágenes de la tiroides para demostrar la apropiada función de los tejidos tiroideos.