Segunda fase: iontoforesis y elastasa fecal (FQ), D-xilosemia a la hora (traduce en forma indirecta la integridad de la vellosidad intestinal o su atrofia), esteatocrito o Sudán III en materia fecal (aplicable en patologías que cursen con esteatorrea), test de hidrógeno espirado (sobrecrecimiento bacteriano), carotinemia basal (mide indirectamente la suficiencia o insuficiencia pancreática exocrina, hepatopatías crónicas), electroforesis de proteínas, ANCA y ASCA (para descartar o confirmar enfermedad inflamatoria intestinal), niveles séricos de folatos, vitamina B12, hierro (alteraciones gástricas o en el íleon), determinación sérica de inmunoglobulinas (Ig) A, G, E, M (inmunodeficiencias, linfangiectasia intestinal), IgG2 o IgE específica para alimentos –RAST– (alergias alimentarias), alfa-1-antitripsina fecal (enteropatía perdedora de proteína).