Cuando se dio el conflicto con el Ecuador entre 1859 y 1860, Cáceres, que estaba aún convaleciente por las heridas recibidas en su última campaña, acudió a la defensa de la frontera. Luego fue enviado por el presidente Castilla a Francia, como adjunto militar a la Legación peruana en París, para curarse viejas y nuevas heridas, volviendo al país en 1862.
