A análise da urina, especialmente a urocultura, é de extrema importância na investigação da PNA, persistindo como o exame padrão ouro no isolamento do patógeno envolvido, que na presença de quadro clínico sugestivo, confirma o diagnóstico. Na análise do sangue, a hemocultura mostra-se valiosa na avaliação da gravidade, sobretudo diante da suspeita de urossepse.
A maioria dos médicos obtém urina por cateterização transuretral em lactentes e crianças maiores, reservando a aspiração suprapúbica da bexiga para os meninos portadores de fimose moderada ou grave.