Quê nội ông là làng Kim Liên (tên Nôm là làng Sen). Nguyễn Sinh Cung được sinh ra ở quê ngoại là làng Hoàng Trù (tên Nôm là làng Chùa (Hoàng Trù), nằm cách làng Sen khoảng 2 km) và sống ở đây cho đến năm 1895. Hai làng này vốn cùng nằm trong xã Chung Cự, thuộc tổng Lâm Thịnh, huyện Nam Đàn. Quê nội của ông, làng Kim Liên là một làng quê nghèo khó. Phần lớn dân chúng không có ruộng, phải làm thuê cấy rẽ, mặc quần ít, đóng khố nhiều, bởi thế nên làng này còn có tên là làng Đai Khố.Vào đời ông, phần lớn dòng họ của ông đều cơ hàn, kiếm sống bằng nghề làm thuê, và cũng có người tham gia các hoạt động chống Pháp.