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Processus microbiens - Coggle Diagram

- - - - Diversité
      - Immense
    - - Complexes
    - - Abiotiques
      - Liées enzymes libres
    - - Dominante
    - - Molécules biologiques
        
        ADN
        
        Protéines
    - - 5% occupé
        
        Microorganisme
        
        "Hot spot"
  - - - Organo-minéral
        
        Largement Organique
        
        Biota
        
        Racines
        
        Microorganismes
        
        Faune
        
        MO morte
        
        MO fraîche
        
        Décomposition
        
        Humus
        
        1 more item...
        
        Dominant/Exclusivement Minéral
        
        Minéraux
        
        Roche-mère
        
        Minéraux Iaire
        
        Altération
        
        1 more item...
        
        Eau
        
        Phases
        
        Vapeur
        
        Liquide
        
        Gazeuse
        
        Gaz
        
        O2
        
        CO2
        
        N2
        
        H2S
        
        NH3
        
        COVs
      - Agrégats
        
        Macro-agrégats
        
        Micro-agrégats
  - - - Eau dans le sol
        
        Voir schéma
        
        Eau inutilisable
        
        Microporosité <0.2 µm
        
        Point de flétrissement
        
        F=S
        
        Particule de sol
        
        Eau utilisable
        
        = réserve utile
        
        0.2 < pores < 10 µm
        
        Radicelles
        
        Poils absorbants
        
        Eau de gravité
        
        Macroporosité > 10 µm
        
        Point de ressuyage
        
        F=P
        
        Solution du sol
        
        3 forces
        
        P
        
        Gravitation
        
        F
        
        Rétention solides
        
        Augmente
        
        2 more items...
        
        Affinité globale
        
        2 more items...
        
        S
        
        Succion plantes
    - - Inorganiques
        
        91 éléments naturels
        
        Importance variable
        
        Éléments majeurs
        
        Production matière vivante
        
        H
        
        O
        
        C
        
        N
        
        P
        
        S
        
        Nutriments
        
        Micro
        
        Macro
        
        Concentrations
        
        Horizons supérieurs
        
        Plus élevée
        
        % MS
        
        Litières
        
        Conifères
        
        4 more items...
        
        Feuillus
        
        4 more items...
        
        Bois
        
        Conifères
        
        4 more items...
        
        Feuillus
        
        4 more items...
        
        C/nutriments
        
        Indicateurs d'activité
        
        C/N
        
        Ac aminés
        
        1.7/7.7
        
        Protéines
        
        3.1
        
        Bactéries
        
        3.7/13.0
        
        Cyano
        
        7/26
        
        Fungi
        
        8/25
        
        BIo microb
        
        5/20
        
        Exudats
        
        2.5/13
    - - CAH
        
        Formation
        
        Liaisons chimiques
        
        Feuillets
        
        Argile - MO
        
        Complexe argilo-humique
        
        "Plaque tournante"
        
        Effets
        
        Floculation colloïdes
        
        Meilleure aération
        
        = agglomération
        
        matière
        
        en suspension
        
        Liaison A-H
        
        Freine
        
        Minéralisation humus
        
        Dispersion argile
        
        Augmente
        
        Capacité rétention
        
        Éléments nutritifs
      - Voir schéma
- - - - Hétérotrophes
        
        Bactéries
        
        Fungi
    - - MO Vivante
        
        --> MO morte
        
        HMW = High Molecular Weight
        
        --> hydrolyse -->
        
        --> MO morte
        
        LMW = Low Molecular Weight
        
        --> transport -->
        
        Activité métabolique
        
        3 more items...
  - - - Litière (paille)
        
        Lignine
        
        14
        
        Carbohydrates
        
        81
        
        Protéines
        
        1
        
        Lipides
        
        2
        
        C:N ratio
        
        80
      - Feuilles (arbres)
        
        Lignine
        
        12
        
        Carbohydrates
        
        77
        
        Protéines
        
        7
        
        Lipides
        
        12
        
        C:N ratio
        
        50
      - Bois (Pinus)
        
        Lignine
        
        27
        
        Carbohydrates
        
        72
        
        Protéines
        
        0
        
        Lipides
        
        1
        
        C:N ratio
        
        640
    - - Dépend de
        
        Apport (m)
        
        Minéralisation (α)
        
        Humification (k1)
        
        Minéralisation IIaire (k2)
        
        Fraction de la MO de l'humus sensu lato (M)
        
        Δ M = k1m - k2M
        
        Équilibre: Δ M = 0 <=> M = (k1/k2)*m
        
        Autant d'humus créé que d'humus minéralisé
        
        humus restant = humus créé (k1m) - humus minéralisé (k2M)
        
        Voir schéma flux
        
        Végétaux
        
        --> Apport annuel m -->
        
        Litières
        
        --> Minéralisation primaire α -->
        
        1 more item...
        
        --> Humification k1 -->
        
        1 more item...
    - - Schéma processus
        
        Nutriments
        
        Protéines
        
        --> NH4 +
        
        --> NO3 -
        
        --> Protéines
        
        --> NH4 +
        
        --> NO3 -
        
        --> Humus
        
        N
        
        Carbohydrates
        
        Composés aromatiques
        
        --> CO2
        
        Carbone et énergie
        
        Carbohydrates
        
        (=Composants parois)
        
        ===> CO2
        
        --->
        
        Carbohydrates
        
        1 more item...
        
        Lipides
        
        1 more item...
        
        Lipides
        
        Composés aromatiques
        
        Lignine
        
        Phénols
        
        -> CO2
        
        --> pigments
        
        Ressources primaires
        
        --> Ressources secondaires
        
        --> Humus
    - - Voir schéma
        
        Stock initial de MO morte
        
        --> Jours
        
        +++ Résidus sans matières facilement dégradables
        
        Biomasse microbienne
        
        CO2
        
        ---> Mois
        
        ++ Résidus plus récalcitrants
        
        BM
        
        ++ CO2
        
        --> Plusieurs mois
        
        Résidus plus récalcitrants
        
        BM
        
        ++ CO2
        
        --> Seconde année
        
        3 more items...
  - - - Modèles
        
        Voir graph
        
        A
        
        Pas d'effet
        
        Absence de contrôle
        
        Droite constante
        
        B
        
        Cte puis diminution
        
        Niveau tolérance
        
        --> Baisse activité
        
        Substrat contrôle activité
        
        C
        
        Augm puis plateau
        
        Autres facteurs limitant
        
        Pas toxicité
        
        D
        
        Augmn puis Dim
        
        Concentration max
        
        = seuil
        
        1 more item...
        
        Réponse microb en fct Qté nutr
    - - Chimique
        
        Carbone
        
        Apport C
        
        -> Effet priming
        
        "préparation", "habituation" à un stimuli
        
        Sur bactéries
        
        Pas sur fungi
        
        Voir graphs
        
        Dénitrification
        
        Contrôlé par C
        
        Formes déterminantes
        
        Solubles
        
        Récalcitrant
        
        Disponible
        
        ...
      - Physique
        
        Eau
        
        Dans sol
        
        Disponibilité hydrique
        
        Relation
        
        Potentiel hydrique
        
        Activité microbienne
        
        Oxygène
        
        Pores sols
        
        Saturation Eau
        
        Activité N
        
        Voir graph
        
        Eau limitante
        
        Rien (ou presque)
        
        Air limitant
        
        Dénitrification
        
        Entre deux
        
        Respiration
        
        1 more item...
        
        Nitrification
      - Biologique
        
        Régulation
        
        Émission
        
        CH4
        
        Par
        
        Plantes
        
        2 more items...
        
        Microorganismes
- - - - Niveaux
        
        Pas de résolution
        
        Mesures quantitatives
        
        Biomasse microbienne
        
        C
        
        N
        
        P
        
        S
        
        Basse/intermédiaire résolution
        
        Détermination de groupes microbiens
        
        Analyse communautés
        
        PLFA
        
        Phospholipid-derived fatty acids
        
        CLPP
        
        CLP Protease family
        
        Basse/fine résolution
        
        Détermination séquences
        
        Approche moléculaire
    - - Voir schéma
        
        MO
        
        Hydrolyse enzymatique <--
        
        Extracellulaire
        
        Métabolisme <--
        
        Assimilation <--
        
        Biomasse microbienne
        
        2 more items...
        
        Sécrétion <--
        
        Matières humiques stables
        
        2 more items...
        
        Minéralisation <--
        
        Cycle biogéochimique
        
        4 more items...
    - - D'abondance
        
        Stratégie r
        
        Zymogènes
        
        Grand µmax
        
        Grand Ks
        
        [S] élevé
        
        --> Domine
        
        Stratégie K
        
        Autochtones
        
        Petit µmax
        
        Petit Ks
        
        [S] faible
        
        --> Avantage
        
        Winogradski
        
        modèle de Monod
        
        Relation
        
        Concentration
        
        Substrat
        
        Limitant
        
        Croissance
        
        Vitesse
        
        µ = µmax * [s/Ks + s]
        
        µmax
        
        Taux max croissance sans lim
        
        Ks
        
        Cte affinité
        
        SI petite -> forte affinité
        
        Voir graph diap 21
  - - - Chaînes de décomposition
        
        Flux
        
        C
        
        Nutriments
        
        Écoenzymes
        
        Enzymes
        
        Microbiennes
        
        Libérées
        
        Environnement
        
        Activité
        
        Métabolisme
        
        Microbien
        
        Ressources
        
        Milieu
        
        Induction enzymatique
        
        Dans sol
        
        Voir schéma diap 22
        
        Enzymes
        
        Adsorbées
        
        1 more item...
      - Enzymes libres
        
        Dans sol
        
        Rôle
        
        Colloïdes
        
        Complexe Argilo-Humique
        
        Dans Adsorption
        
        Expérience Durand
        
        Voir graph diap 23
        
        Adsorption
        
        Enzymes
        
        Ex: uréases
        
        Sur argile
        
        => Protection
  - - - Protistes
        
        Protozoaires
        
        50 µm
        
        Thécamoebiens
        
        Amibes à thèque
        
        50 µm
        
        Flagellés
        
        < 10 µm
        
        Ciliés
        
        dizaines µm à 300 µm
        
        Paramecium
        
        Stylonichia
      - Micro-algues
        
        10-400 µm
        
        Diatomées
        
        Centriques
        
        Pennales
        
        Volvox sp
      - Voir schéma diap 25
        
        Chaîne trophique des brouteurs
        
        Producteurs primaires
        
        Prédateurs
        
        Niveaux trophiques supérieurs
        
        Boucle microbienne
        
        Matière organique dissoute
        
        Bactéries
        
        Protozoaires
        
        Mat Min
    - - Cycle C
        
        Voir schéma diap 26
        
        Litière 200 (96)
        
        <-- 1520 (1630) <--
        
        Champignons 611 (687)
        
        <-- 361 (388) <--
        
        1 more item...
        
        <-- 341 (259) <--
        
        1 more item...
        
        912 (980)
        
        1 more item...
        
        <-- 510 (1280) <--
        
        Bactéries 201 (536)
        
        <-- 96 (243) <--
        
        1 more item...
        
        <-- 29 (73) <--
        
        1 more item...
        
        201 (536)
        
        1 more item...
        
        <-- 336 (330) <--
        
        Flux en mg C m-2 j-1
        
        Pas de labour (labour)
    - - Viral-shunt
        
        Furhman
        
        Milieu marin
        
        Voir schéma diap 27
        
        Court-circuit
        
        Vers niveaux trop sup
        
        6-26% C détourné
      - Augmentation
        
        Diversité procaryotique
        
        Lyse
        
        Killing the WInner
        
        Contrôle
        
        Groupes dominants
        
        => Coexistence
        
        1 more item...
        
        Produits
        
        Profitent
        
        Procaryotes
        
        2 more items...
        
        Lysogénie
        
        Développement
        
        Immunité
        
        Phages homologues
        
        Transfert
        
        Attributs
        
        Morphologiques
        
        Métaboliques
        
        Transduction
        
        Transferts
        
        Traits
        
        Morphologiques
        
        Métaboliques
        
        Des hôtes
        
        Source
        
        Sélection
        
        Fonctions écologiques