Da un punto di vista ecologico, le acque dolci formano habitat raggruppabili in due grandi ecosistemi: gli ecosistemi lotici, che comprendono le acque in movimento, quindi quelle di fiumi, ruscelli , nonché le acque sotterranee che scorrono nelle falde acquifere, e gli ecosistemi lentici, costituiti da acque ferme e dunque da laghi, paludi, stagni, torbiere.