Sin embargo, hay genes cuyos alelos son directamente letales, es decir, hacen que el individuo ya tenga problemas para sobrevivir nada más ha sido concebido. Un ejemplo clásico es el caso del alelo amarillo letal, una mutación totalmente espontánea que se da en roedores, mutación la cual hace que su pelaje sea amarillo y mueran al poco de nacer. En ese caso en concreto, el alelo letal es dominante, pero hay otros casos de alelos letales que pueden ser recesivos, codominantes, funcionar poligénicamente.
