El introducir la clase de psicología en el plan de estudios fue un problema, ya que en ese tiempo, la ciencia y el conocimiento significaban la verdad y por lo tanto poder. Entonces al darle poder al pueblo, estas atacando a la Iglesia, la cual era el poder máximo en ese momento. Se buscaba un poco volver a como era el conocimiento en la Inquisición, donde la Iglesia era la única que tenia el poder, pues si permitían al pueblo razonar y tener su propio conocimiento, podrían llegar a cuestionar a la Iglesia y revelarse ante ella. Como Porfirio buscaba esta paz en México, el introducir estas ideas en la educación iba en contra de la Iglesia. Además, los egresados de la ENP estaban ocupado las cámaras de diputados, por lo tanto les preocupaba que los jóvenes se formaran y llevaran estas ideas espirituales al gobierno.