Бунт имел существенные последствия. На несколько лет у власти оказался клан Милославских, возглавляемый царевной Софьей. Она получила титул правительницы при своих малолетних братьях. Царей стало два: Иван и Петр, но они играли только представительскую роль. Отстранить Петра от трона Милославские не решились, поскольку он уже был признан царем Боярской думой, а отстранять живого царя от власти было как-то не принято.
Недовольство на некоторое время было приглушено, но не устранено, поскольку репрессии Милославских вызвали неудовольствие не только у сторонников Нарышкиных. Есть основания считать, что бунт повинен и в будущих приступах жестокости у Петра 1 – ему пришлось видеть, как его родственников сбрасывают на копья и тащат на пытки, и это повлияло на психику.