Hay una serie de animales vertebrados que suelen ser frecuentes en los archivos: los roedores y los pájaros. Los roedores ejercen una acción mecánica destructiva sobre el papel que roen, en cuanto a los pájaros dejan excremento que afecta a los documentos. Dentro de los microorganismos están los hongos, que son organismos pluricelulares que se desarrollan con una temperatura y humedad alta, estos rompen las fibras del papel. La degradación más visible son las manchas de diversos colores (rojizas, marrones o violáceas), estos daños son irreversibles. para terminar os insectos bibliófagos o comedores de libros son también un peligro para el fondo bibliográfico, existen unas 100 variedades y se pueden dividir en dos grupos: los insectos regulares (piojo del libro, pececillo de plata, cucaracha, coleóptero, etc.)