Juan José Flores, general nacido en Venezuela, que había desempeñado la función de jefe del Distrito del Sur, fue designado presidente del nuevo Estado por la Asamblea Constituyente de Riobamba.Flores se dedicó a consolidar una alianza de gobierno entre el tradicional gamonalismo latifundista de la Sierra, al que se había vinculado por matrimonio, los terretenientes de Guayaquil y los altos mandos del ejército, integrados en su gran mayoría por extranjeros. . Una de sus principales tareas fue enfrentar el peligro de las invasiones de Flores. A inicios de los cincuenta, un nuevo conflicto de poder no resuelto dio espacio para un nuevo arbitraje militar. El «hombre fuerte» del ejército, general José María Urvina, fue proclamado dictador. Luego fue elegido presidente constitucional por una nueva Asamblea Nacional .