La localización de los pares craneales afectados nos puede orientar en el al lugar de la lesión, así I y II par están en cerebro medio, III y IV en mesencéfalo, V, VI, VII y VIII en la protuberancia y IX, X, XI y XII en el bulbo.
La exploración de los pares craneales requiere de una participación activa por lo que algunos difícilmente podremos explorar sin colaboración, o en lactantes, como el II par. Otros mediante observación y juego se puede valorar si son aparentemente normales y sin asimetrías, como la motilidad ocular o facial
El III, IV y VI par se exploran conjuntamente ya que todos inervan la musculatura que mueve el ojo. Y se suele también en este momento explorar el nistagmo y la pupila. El signo externo que indica las parálisis de los oculomotores es el estrabismo.
Se valora la papila buscando signos de edema o atrofia (sistema nervioso vegetativo se suele examinar junto con pares craneales oculomotores) se observa el tamaño, la simetría pupilar, el reflejo fotomotor y consensual.
Al explorar el VII par, observar asimetrías en la abertura palpebral, surcos nasogenianos y elevación de cejas.
La afectación de la rama vestibular hasta su entrada en el tronco cerebral da un síndrome vestibular periférico con un vértigo bien definido, Romberg y marcha en tándem hacia el lado lesionado, nistagmo regular y fatigable con fase rápida al lado contrario de la lesión.
Al iluminar cada uno de los ojos con una fuente de luz, contracción pupilar del ojo iluminado (reflejo fotomotor) y del contralateral (reflejo consensual).