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Analyse RNAseq, Unix :star:, Génome de référence indexé - Coggle Diagram
Analyse RNAseq
Echantillons bruts (reads.fastq) :lock:
Nettoyage des échantillons
Cartographie des reads sur le génome de référence
Indexation des reads cartographiés
Comptage
Reads cartographiés et indexés :unlock:
R/ Rstudio :fire:
Analyse des donnée
ACP
1 more item...
packages
ggplot2
dplyr
shiny
Traitement des données :pencil2:
Création d'objets
2 more items...
Statistiques
3 more items...
Excel :forbidden:
:!!:: conversion des noms des gènes
Unix :star:
manipulation de fichiers :open_file_folder:
awk
grep
sort
cut
script bash
Hisat2
Samtools
Trimmomatic
Accéder à un serveur
ssh
Générer une somme de contrôle
md5sum
Génome de référence indexé