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Approches génétiques et génomiques à l'ère des données massives :green…

- - - - Transcriptome de patients atteints
        
        Données :information_source:
        
        Variable
        
        Transcrits
        
        Variable supplémentaire
        
        PedID, ID, status, stim, sexe, age..
        
        Création de résultats PCA
        
        FactoMineR
        
        Graphique
        
        Distance
        
        Distance entre 2 individus: Pythagore :triangular_ruler:
        
        Inertie
        
        Gène ayant une grande variance contribue fortement à l'inertie
        
        1 more item...
        
        Dispersion de points dans un nuage de points :cloud:
        
        Variance
        
        Mesure de la dispersion des valeurs :straight_ruler:
    - - Échantillons
        
        Fichier format fastq.gz
        
        Décompressions: fichier fastq
        
        Nettoyage des échantillons :checkered_flag:
        
        Echantillon nettoyés:
        
        Indexation du génome de référence
        
        Mapping de read :world_map:
        
        Echantillons cartographies et indexés
        
        2 more items...
        
        Format fichier: .bam
        
        Format fichier: fastq.gz
- - - - Cahier de laboratoire
        
        hypothèse, matériels et méthodes, protocoles, analyses, résultats
    - - Échantillons annotées, organiser
    - - Fichier texte: instructions pour manipulation des données
    - - concept de sommes de contrôle: md5sum
  - - - Répertoire: mkdir
    - - supprimer un fichier: rm
      - supprimer un répertoire: rmdir
    - - Fichier non compressé : cat
      - Fichier compressé : zcat
    - - Nombre de mots: wc -w
      - nombre de chiffre: wc -c
      - Nombre de ligne: wc -l
    - - Une partie
        
        Le début: head
        
        La fin : tail
      - Le contenu
        
        ls avec ses options (-h, -l, -s, -r)
    - - Lignes contenant une expression : grep
      - Lignes ne contenant pas une expression : grep -v